我院科研工作坚持以“科技兴院”为指导思想，以国家口腔疾病临床医学研究中心广西分中心、院士工作站、自治区临床医学研究中心、自治区级重点实验室和自治区高校重点实验室为平台，针对广西常见口腔疾病，结合学科前沿开展科研工作。目前，已形成牙颌面畸形、缺损整复临床与基础研究，头颈肿瘤发病机制与治疗研究，口腔疾病微生物与抗感染免疫研究，口腔疾病防治研究，纳米抗体研究，干细胞研究等稳定且有鲜明特色的研究方向。现有广西高校重点学科1个（口腔颌面外科学），广西医疗卫生重点学科1个（口腔颌面外科学），广西自治区级临床研究中心1个（广西颅颌面畸形临床医学研究中心），广西自治区级重点实验室1个（广西口腔颌面修复与重建研究重点实验室），广西高校重点实验室2个（广西高校颌面外科疾病诊治研究重点实验室、广西高校纳米抗体研究重点实验室）及1个纳米抗体研究中心（广西医科大学纳米抗体研究中心。口腔颌面外科学评为“十一五”、“十二五”广西高校重点学科；口腔颌面外科评为第三批、第四批广西医疗卫生重点学科。科研平台总面积3083平米，实验仪器设备总价值约3500万元。

科研团队现有高级职称（教授）30人，副高级职称（副教授）53人，博士生导师9人，硕士生导师33人。有中华口腔医学会(国家一级学会)副会长、长江学者创新团队带头人、国务院政府特殊津贴专家、全国先进工作者、卫生部先进工作者、广西特聘专家、广西优秀专家、广西八桂学者、 “十一五”广西医药卫生科技工作标兵、省级重点学科团队、省高校创新团队等骨干人才，形成一支梯队设置、学历、职称、年龄结构合理，以高学历、高职称、中青年为主，有创新能力的学术队伍。

经过科研团队多年的努力，我院在颅颌面畸形基础及临床研究方面形成了特色，在国内外享有较高的声誉，是全国最早开展正颌外科技术的院校之一，也是至今为止广西唯一能开展该技术的单位，运用计算机虚拟现实技术、RP技术、手术导航等精准数字化技术治疗各类颅颌面畸形，取得显著成效。学科带头人周诺教授主持国家自然科学基金7项，在全国率先开展牵张成骨技术矫治颅颌面畸形，成为我国开展该技术研究第一人，得到全国同行专家的充分肯定。在临床研究的基础上，还开展颅颌面畸形的发病机制、牵张成骨成骨机制等基础研究，并取得了一些重大突破。研究成果获中华口腔医学研究创新奖1项，广西科技进步奖一等奖1项、二等奖1项，广西医药卫生适宜技术推广奖一等奖2项，并被编入全国口腔本科、研究生统编教材及全国住院医师规培教材、临床技术操作规范和诊疗指南。同时，学科开展头颈癌发生、侵袭、转移、预后和耐药基因等机制研究，构建了拥有自主知识产权纳米抗体筛选技术，针对口腔癌重要靶标，成功筛选出一批新型纳米抗体和细胞疫苗。还在区内率先开展精准数字化颅颌面畸形整复、各类带蒂或游离骨肌皮瓣移植修复口腔颌面组织缺损、唇腭裂序列治疗等研究，研究达广西领先、国内一流水平。学科率先在国内针对广西高发艾滋病人群研究HIV/AIDS相关口腔病原微生物及宿主抗感染免疫机制，获5项国家自然科学基金资助，其中防御素与龋病及口腔念珠菌病防治的成果获2015年度广西科技进步二等奖；在全国率先开展微创根尖预备技术、牙髓再生、牙本质仿生再矿化的研究，引领区内牙髓临床治疗；通过CAD/CAM椅旁即刻修复、计算机导航种植修复等技术开展牙体缺损、牙列缺损和缺失的数字化固定修复研究，在口腔修复材料学方面进行了深入的研究，其中在可注射式磷酸钙符合骨水泥在牙槽嵴种植位点保存的临床应用科研成果获2016年度广西科技进步二等奖。采用个性化微种植体手术导板、微种植体支抗联合自锁托槽、舌侧矫治等技术，开展各类复杂错牙合畸形的临床矫治，达广西领先、国内一流水平，突面畸形矫治的基础探索与临床转化的成果获2019年度广西科学技术进步类二等奖。